Museets Zoologiska samling har sitt ursprung i Kilian Stobaeus donation till universitetet 1735. Sedan dess har samlingarna kontinuerligt vuxit genom privata donationer och forskares insamlingar av både djur på land och i vatten, vilket gjort att vi idag har en rik samling av både inhemska såväl som utländska arter från hela världen.
Den zoologiska samlingen omfattar ett stor samling av typmaterial av cirka 150 typer av ryggradsdjur och 1 400 ryggradslösa djur, andra än insekter.